《云之遥》为轩辕剑伍系列三部曲中的最后一部，本作的过场动画拥有配音，此外，本作另有三部资料片。

三国时代，洛阳少年徐暮云，幼时遭逢变故，流落荒野，幸得魏国前御史中丞徐庶所救，将之收为养子，抚养成人。在洛阳的那段童年时光中，暮云与青梅竹马的兰茵以及魏国名将张郃之孙张诰相交甚笃，一同习剑成长。时光匆匆，暮云如今已是英姿焕发、名满洛阳的少年剑客，但为求精进，暮云始终勤练剑术，希望有朝一日能以一身武艺协助恩师张郃，报效朝廷。

公元二二六年，魏帝曹丕猝然而逝，留下年纪尚轻的新帝，以及尚未稳固的社稷;屡次交兵的南方孙权本就蠢蠢欲动，而沉寂多年的西川蜀汉，更于丞相诸葛亮令下，于公元二二八年也开始频频出兵进犯，使得朝野陷入了人心徨恐的动荡里。

在此之时，暮云受到义兄曹侍中之托，屡次前往战场协助魏军作战;然而，由于徐庶曾与蜀汉之刘备、诸葛亮、赵云等人相交甚笃，极为担心老友安危，因此十分反对暮云参与战事，让暮云深陷在父亲与义兄的矛盾立场里。